Frühe Neuzeit (ab 1500 n. Chr.)

1535 fielen die Eppstein-Königsteinischen Besitzungen, nach dem Tod von Eberhard IV. an die Grafen von Stolberg (Harz). Marxheim wurde dadurch stolbergisch und musste die neue Lehre annehmen. Die bisher selbständige katholische Kirchengemeinde in Marxheim wurde eine Filiale von Diedenbergen und protestantisch.

Auf dem Gerichtssiegel von 1543 (Ortsname Marxum) und auf dem von 1675 (Ortsname Marxheim) ist ein Krieger oder Ritter mit einem Kreuz zu sehen. Dieser wird als der Gründer des Dorfes mit dem Namen Marbod gedeutet. Dieser ist auch in ähnlicher Form schließlich auf dem aktuellen Wappen des Ortes zu finden. Daher ist bis heute der Marbod, trotz der frühen Umbenennung Dorfes in Marxheim, noch immer präsent.

Nach dem Erlöschen der Stolberger Linie, wurde die Grafschaft Eppstein-Königstein 1581 von Kaiser Rudolph an den Erzstift Mainz unter Erzbischof Daniel Brendel von Homburg (*1555, +22.03.1582) als Mainzer Kurfürst übertragen. Jetzt kehrten sich die religiösen Verhältnisse zwar um, wurden jedoch noch nicht verändert. 1582 wurde Wolfgang von Dalberg (+ 05.04.1601) Mainzer Kurfürst und Erz-Bischof. 1601 folgte Johann Adam von Bicken (+10.01.1604) in dem Amt. Er begann mit der Rekatholisierung von Teilen seines Bistums (Königstein, Rieneck-Lohr und der Hofstaat). Damit kehrte Marxheim endgültig zur katholischen Lehre zurück.

1618 begann der Dreißigjährige Krieg. In Marxheim wohnten im Jahre 1623 rund 100 Erwachsene und eine Reihe von Kindern. Im November 1631 besetzte der schwedische König Gustav Adolf II. Höchst und richtete im Höchster Schloss sein Quartier ein. Am 23. Dezember marschierten dann schwedische Truppen in Mainz ein. 1633 traten dann die ersten Fälle von Pest in der Region auf. Durch die umherziehenden militärischen Truppen wurden Marxheim und die umliegenden Dörfer stark in Mitleidenschaft gezogen. 1638/39 zählte Marxheim nur noch 8 Einwohner. Im Frieden von Münster und Osnabrück wurde 1648 der Krieg beendet. Es fielen dem Krieg 18.310 Dörfer, 1.629 Städte und 1.976 Schlösser zum Opfer. Die Landbevölkerung wurde um ca. 50% und die Stadtbevölkerung um ca. 30% durch die Pest und das Kriegsgeschehen dezimiert.

Im Jahr 1654 zählte man in Marxheim dann wieder 36 Einwohner.

1666 wurde auf dem Räuberberg (heute Kapellenberg) in Hofheim eine Kapelle von den Überlebenden der Pest errichtet. Bittprozessionen dort hinauf finden seit dieser Zeit bis heute auch durch die Marxheimer Einwohner statt.

Die Marxheimer Kirche stand 1688 wohl schon auf dem Platz der aktuellen St. Georgs-Kirche und war von einem Friedhof umgeben, der erst 1838 geschlossen wurde. Die Kirche besaß zu dieser Zeit bereits zwei Glocken und eine Turmuhr.

Einer Liste von 1715 zufolge hatte Marxheim in diesem Jahr wieder 243 Einwohner.

Noch heute kann man Gebäude aus dem 18. Jahrhundert in Marxheim finden, so wie das ältestes Fachwerkhaus in der Schulstraße 54, das bereits um 1700 erbaut wurde.